建筑企业完善工程项目管理系统的使用是非常重要的，它可以提高项目的效率和质量，降低成本和风险。以下是一些建议，帮助企业完善工程项目管理系统的使用。

1. 系统选型：选择合适的工程项目管理系统是关键的一步。企业可以根据自身的需求和规模，选择适合的系统。系统应具备项目计划、进度管理、物资采购、人力资源管理、质量控制等功能，并且能够与其他企业内部系统进行集成。

2. 培训与培养：为员工提供系统使用的培训和培养是必要的。企业可以邀请专业人员对员工进行系统操作和流程的培训，确保他们熟悉系统的各项功能和操作流程。此外，企业还可以制定相关考核机制，鼓励员工主动学习和提高系统使用的技能。

3. 流程优化：对现有的工程项目管理流程进行优化，以适应系统的运用。企业可以通过评估和分析现有流程的痛点和改进空间，制定新的流程标准和规范，并将其整合到系统中。流程优化可以提高工程项目的协调性和执行效率。

4. 数据管理：系统的数据管理是工程项目管理的核心。建筑企业应确保在系统中准确、完整地记录和维护项目相关数据，包括计划、进度、成本、质量等方面的数据。同时，要注重数据的安全性和备份，以防止数据的丢失和泄露。

总之，建筑企业完善工程项目管理系统的使用需要从系统选型、培训与培养、流程优化、数据管理和持续改进等方面入手。通过合理的运用和不断的优化，企业可以提高项目管理的效率和水平，实现更好的项目管理和控制。